由于农村在规模、区域、管理等方面的水污染治理特殊性，决定了适合其污水处理方式、方法必须适应更新的要求。
工艺多样化
我国不同地域间农村的客观环境差异较大，加之农村地区长期以来形成的居住方式、生活习惯等方面的差异，使得污水处理方式不能过于单一。因此，适合农村污水处理工艺必须是多样化、系列化，能够适应不同区域、不同地理环境的要求，必须做到因地制宜、量体裁衣，这样才能既节省投资，又便于管理。
运行费用低
污水处理站的运行费用一般包括人员电费、工资、药剂费和消耗费，农村污水处理的建站投资和运行费用大都是由专项污染治理经费中调拨，由于每年的新农村建设经费有限，因此，运行费用成为建站单位的沉重负担，其结果是建了站却用不起。因此，污水处理工艺选择应首先选择运行费用低的污水处理工艺。
剩余污泥量少
污泥处理是污水处理建设必须考虑的问题，采用什么样的污泥处理工艺对污水处理站投资和运行费用有重要影响。在传统污水处理工程造价中，污泥处理部分投资一般占工程总投资的15%左右，且污泥的浓缩和脱水等环节技术水平要求高，操作管理复杂，环境条件差，若操作管理不当，容易引发二次污染。因此，在确定污水处理工艺时应优先选择产生污泥量少的工艺。由于农村污水量一般在1000m3/d以下，污泥处理应选择简单实用的方法。
处理深度要适当
排放标准要适当
污水处理工艺的选择与污水站投资息息相关，但污水处理工艺的选择取决于当地环保部门的排放标准。根据国家规定农村污水排放标准执行“城镇污水处理厂污染物排放标准GB18918-2002”,同时应根据农村所在区域的不同，参照地方标准确定污水排放标准。如果农村所在地区不是国家重点控制区域或环保热点地区，排放标准可根据当地情况予以适当调整，如在封闭及半封闭水体区域，可考虑脱氮除磷的要求，而在开放式水体区域，可适当降低氮、磷等有关标准，简化运行管理、节省工程投资和运行费用，以求建成后产生实效。
中水回用优先，但要量力而行
我国农业属灌溉农业，不少农村特别是中西部地区仍然改变不了靠天吃饭的命运，每天受干旱影响的耕地面积约占总耕地面积的五分之一。以粮食作物为主的传统农业、以蔬菜种植为主的农副业、以果树和苗圃及花卉为主的现代农业，都需要大量的水资源来浇灌，有些农村甚至直接用污水浇灌。因此，为了节约地下水资源和减少污染带来的危害，在进行污水处理的同时，应尽可能开展中水回用。虽然在污水处理达标排放基础上开展中水回用相对投入不大，吨水投资增加约300～500元(不考虑膜生物工艺)，吨水运行费用增加约0.1～0.2元(不考虑膜生物工艺)，但对于广大农村来说仍是一笔不小的开支。因此，中水处理规模应根据用水定额及需求经计算后合理确定，以免造成不必要的投资浪费，甚至中水回用工艺应根据回用对象、投资、运行费用以及管理复杂程度等问题合理选取。
